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Genetix ClonePix FL Quick Setup Instructions Manual

Made by: Genetix
Type: Quick Setup Instructions
Category: Laboratory Equipment
Pages: 15
Size: 1.44 MB

 

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ClonePix

TM

 FL 

Quick Set-Up Instructions

  

 
Software Release: 1.2.13.971

 

07MAN1055.A2 

Effective Date: 01-Jun-10 


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GENETIX > CLONEPIX FL  

QUICK INSTRUCTIONS > CONTENTS 

 

 
 

 Contents 

  

What are Quick Set Up Instructions? ...............................................................3

 

Starting up ClonePix FL ....................................................................................3

 

Loading plates....................................................................................................4

 

Preparing for a Pick Run ...................................................................................5

 

The Pick Run ......................................................................................................6

 

Imaging Settings.................................................................................................................... 7

 

Picking Settings ..................................................................................................................... 8

 

Sanitize Pin Options .............................................................................................................. 9

 

Start Pick Run........................................................................................................................ 9

 

Preview................................................................................................................................ 10

 

Select Wells......................................................................................................................... 12

 

Summary ............................................................................................................................. 12

 

Imaging................................................................................................................................ 12

 

Results................................................................................................................................. 12

 

Select Groups...................................................................................................................... 13

 

Picking ................................................................................................................................. 14

 

Finish ................................................................................................................................... 14

 

Powering down ClonePix FL...........................................................................14

 

Contact Details.................................................................................................15

 

 


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GENETIX > CLONEPIX FL  

QUICK INSTRUCTIONS > WHAT ARE QUICK SET-UP INSTRUCTIONS? 

 

 
 

What are Quick Set-Up Instructions? 

 

These instructions are designed to enable a new user to undertake a simple picking run on 
ClonePix™ FL. The following instructions offer guidelines only. No attempt should be made to 
use ClonePix FL before the system has been fully installed by a Genetix Approved Engineer. 

For full information please read the ClonePix

 

FL Robot Manual and Software Applications 

Manual. Please refer to the Genetix website for the latest reagents & supplies, replacement 
parts and optional extras 

www.genetix.com

  

 

Starting up ClonePix FL 

 

• 

Ensure robot and compressor are plugged in. 

• 

Ensure compressed air gauge is set to 80 psi (5.5 bar). 

• 

Ensure Emergency Stop button is not pressed in. 

• 

Switch on ClonePix

 

FL. The HEPA filtration system works all the time that ClonePix FL is on. 

• 

Press Reset button at the front of ClonePix FL. 

• 

Initiate ClonePix FL software. 

• 

Wipe out ClonePix FL bed with 70% ethanol or fresh Genetix Sterilizing Agent (K8080) 
using lint-free cloth. 

• 

Fill the ethanol feed bottle with 70% ethanol and empty the ethanol waste bottle. 

• 

Make sure that the correct Picking Pins are installed for the type of cells to be picked.  

F1 Picking Pins (400µm internal diameter; X4961) for suspension cell picking from 
semi-solid medium. 

F2 Picking Pins (700µm internal diameter; X4962) for adherent cell picking from 
liquid medium. 

Picking Pins should be cleaned by sonication in aQuClean (K2505) and autoclaved. It is 
advisable to autoclave the Picking Pin Removal Key (X4948) at the same time. See 
General Maintenance section of the Robot Manual for instructions. 

If the Picking Pins need to be changed remove the Picking Head and swap the pins. To 
do this, click on the Picking Head Management icon, then the Replace Head icon and 
follow the on-screen instructions. Refer to the General Maintenance section of the Robot 
Manual for guidance on how to remove and replace the head and the pins. 


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GENETIX > CLONEPIX FL  

QUICK INSTRUCTIONS > LOADING PLATES 

 

 
 

Loading plates 

 

It is important to know how to load plates into ClonePix FL correctly.  

A ClonePix FL bed layout is as shown below. 

 

The Source plate stacker system is located at the rear of the machine, and the Destination 
plate stacker system
 is at the front. Both the Source and Destination stackers have 1 
removable Feed cassette (left hand side) and 1 removable Return cassette (right hand side).  

Each cassette can accommodate up to 10 standard microplates or 12 Genetix microplates. The 
plates are fed individually from the Feed cassette onto the bed, with automatic lid removal as the 
plate passes the Return cassette position. On completion of colony picking, the de-lidded plate is  
then transferred to the Return cassette where the lid is replaced.   

Important notes:  

• 

Plates loaded into a Feed cassette must be of the same type and must match the plate type 
selected by the user in the software. Loading of a plate type different from that selected in 
the software is likely to damage the plate and the instrument. 

• 

When the Return cassettes are placed in the source and destination stackers, they must be 
held firmly in place by use of the Return cassette locking bolt on the right hand side of the 
stacker systems. Failure to lock down a Return cassette will cause a malfunction in the 
return of the microplates. 

• 

Source and destination plates must be loaded into the Feed cassettes with lids on and well 
A1 in the front right-hand corner as shown below: 


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GENETIX > CLONEPIX FL  

QUICK INSTRUCTIONS > PREPARING FOR A PICK RUN 

 

 
 

  

 

Orientation of source plates in ClonePix FL 

 

  

Orientation of destination plates in ClonePix FL 

 

Preparing for a Pick Run 

 

Prior to carrying out a picking run, it is important to make sure that ClonePix FL is set up 
correctly. The Prepare for Pick Run process is designed for this purpose. This process helps 
the user to validate that 1) the pins are firing correctly, 2) the camera, pins and microplates are 
aligned, and 3) the fluid system is sterile and ready for use.   

• 

Click on the Prepare for Pick Run icon and follow the on-screen instructions. 

When asked to load a source plate, it is recommended that you use a blank Genetix PetriWell-6 
plate. However, the use of any configured plate (those present in the drop-down list) should 
work. Once aligned using a configured plate type, ClonePix FL is then ready for use with any 
configured plate type.  

The Prepare for Pick Run process does not need to be carried out prior to every picking run. It 
must be carried out every time that ClonePix FL is first powered up.  

• 

Click Close Process to return to the Main Menu. 


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GENETIX > CLONEPIX FL  

QUICK INSTRUCTIONS > THE PICK RUN 

 

 
 

 

The Pick Run 

 

The Pick Run process is designed to aid new users through their first picking run. Use of the 
default parameters provided should facilitate successful imaging, colony selection and picking. 
The description below assumes that you have plates of cell colonies with fluorescent halos of 
secreted protein. 

• 

Click on the Pick Run icon to open the following screen: 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

The settings can be edited by clicking once on the green section headings.  

 


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GENETIX > CLONEPIX FL  

QUICK INSTRUCTIONS > THE PICK RUN 

 

 
 

Imaging Settings 

• 

Click on the Imaging Settings title to open the following screen:  

 

Fill in the following information: 

• 

Run Annotation 
Enter a name to identify this run. 

• 

Source Well Plates 
Enter the source plate type that you will use for this run. 

• 

Barcode Options  

Select Read Barcode. 

Select Auto-assign barcode in case of failure

If you don’t have barcodes on your plates, ClonePix FL will automatically assign a code. 

• 

Batch plates 
Select this option. This assumes that you are loading multiple plates that contain the same 
sample and that you want them to be processed as a single experiment. 

• 

Source Plate Options 
Select Finish when cassette is empty

• 

Acquisition Options 
This option enables you to choose the images that you wish to capture. If you see 
appropriate Image Acquisition options select them here. If not, the acquisition options can 


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GENETIX > CLONEPIX FL  

QUICK INSTRUCTIONS > THE PICK RUN 

 

 
 

be created later in Preview (see below). Most users select one white light and one 
fluorescent option. 

• 

Prime Probe 
The Prime Probe is the acquisition option to be used for colony detection. Select the white 
light option if available. 

• 

Review Colony Selection 
Select Batch - Review All 

• 

Click Apply

 

Picking Settings 

• 

Click on the Picking Settings title to open the following screen:  

 

  


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GENETIX > CLONEPIX FL  

QUICK INSTRUCTIONS > THE PICK RUN 

 

 
 

Fill in the following information: 

• 

Destination Well Plates 
Enter the plate type that you will use for this run. 

• 

Destination Well Plates 
Specify the wells into which you want to deposit. Right click on the mouse to select wells, 
and left click to de-select wells. All destination plates will be filled using this template. 

• 

Barcode Options  

Select Read Barcode. 

Select Auto-assign barcode in case of failure

If you don’t have barcodes on your plates, ClonePix FL will automatically assign a code. 

• 

Deposit Options  

Select Match Destination Plate to Source Plate if you want to start a new destination 
plate each time a new source plate is fed in. 

• 

Destination Plate Options 
Select Finish when cassette is empty

• 

Pick Number Options 
Leave as default = Organise by Plate

• 

Pin Options 

Select the type of colonies that you wish to pick: suspension or adherent. 

Pick Height Adjustment: Leave as default. 

Aspirate Volume: Leave as default = 5µl. 

Dispense Volume: Leave as default = 7µl. 

• 

Dispersal Options 

Use dispersal: Select if you want to spread out colony cells after picking.  

Dispersal cycles: Use 3-6 for CHO cells and 6-10 for hybridomas. 

Dispersal volume: Leave as default = 20µl. 

• 

Pick Progress Options 

Leave as default = unselected. 

• 

Click Apply

 

Sanitize Pin Options 

Leave as default - no changes required.  

 

Start Pick Run 

• 

Click Start to begin the Process. 

• 

When prompted, load your cell colony plates into the Source Feed cassette. 


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GENETIX > CLONEPIX FL  

QUICK INSTRUCTIONS > THE PICK RUN 

 

 
 

10

Preview 

This is where you set up your Image Acquisition and Colony Detection settings. The screen 
should look like this:   

 

Step 1: Set up Image Acquisition settings 

• 

Click on the Acquisition tab. 

• 

If the My Configurations box is only populated with 
Default (see screenshot on right), you will need to set 
up white light and fluorescent Image Acquisition 
options.  

• 

Click New and then click Edit. The following settings 
should work for most scenarios: 

Description 

White Light 

FITC 1s 

Excitation Filter 

WHITELIGHT (TRANS) 

EGFP/FITC 

Exp. Time (ms) 

150 

1000 

LED Intensity 

128 

Camera Focus  

2200 

2200 

Display Color 

White 

Green 

• 

Click Save to store each option.  


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GENETIX > CLONEPIX FL  

QUICK INSTRUCTIONS > THE PICK RUN 

 

 
 

11

• 

You should now have 3 options under My Configurations: Default, 
White Light and FITC 1s. Insure that White Light and FITC 1s 
options are selected and that Default is deselected. Do not delete 
the Default option - it is required for other Clone Pix FL functions. 

• 

Set the Prime Configuration to White Light. This is critical for correct colony detection. 

• 

To capture your images either click Grab Image which will capture images for the area 
currently highlighted in the View tab, or go to the View tab and click on the area that you 
wish to image.  

• 

You should now see an image with two new tabs above it named White Light and FITC 1s. 
Toggle between the tabs to inspect the images.  

• 

Red pixels on the image indicate that it is overexposed. In this 
case, lower either the exposure time or LED Intensity and Grab 
Image again. Adjust until there are no red pixels. 

 

 

 

 

Step 2: Set up Detection settings 

• 

Click on the Detection tab. 

• 

Set Algorithm to Local Threshold

• 

Using the image under the White Light tab, set the 
Average Colony Diameter to a size that best 
detects your colonies. This will probably be between 
0.25 and 0.70mm depending on the size of your 
colonies. You will need to click Reprocess after 
moving the slide bar. 

• 

Leave Exterior Diameter Multiplier at the default 
setting (x3). 

• 

Deselect Use each colony size when calculating 
exterior statistics

• 

Leave Display settings as default (only Display 
Detected Colonies 
and Shade Overlap Areas 
selected). 

• 

Click Next to proceed.  

 


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GENETIX > CLONEPIX FL  

QUICK INSTRUCTIONS > THE PICK RUN 

 

 
 

12

Select Wells 

Selected wells are shown as red.  

• 

Click Next to proceed. 

 

 

Summary 

• 

Click Next to proceed.  

 

 

Imaging 

ClonePix FL will now automatically image the source plates, detect the colonies and generate 
combined data for all plates. 

• 

While ClonePix FL is imaging, pre-fill one or more 96-well destination plates with liquid 
medium (150µl recommended) and place in an incubator to equilibrate. 

 

 

Results 

Imaging results are displayed in the Results screen:  

• 

Click on the Groups tab. 

• 

This shows which colonies are excluded by which 
parameter. The Too Small group cut-off point can be 
reduced by clicking on the bottom line (reads Total 
Area <=0.1 by default) and then dragging the slide bar 
on the histogram at the bottom of the screen to 0.05.  

• 

Irregular and Proximity group cut-off points can be 
reduced but this may compromise clonality. 

• 

Colonies in the Accept group are those that have 
good shape and distance from other colonies. 

• 

Click on All Features to see the total number of 
detected features and the total number of pickable 
colonies (shown in the Spot Count box). 


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GENETIX > CLONEPIX FL  

QUICK INSTRUCTIONS > THE PICK RUN 

 

 
 

13

• 

To further isolate only those in the Accept group that 
have highest associated FITC fluorescence, click New 
Group
. This will bring up a new group at the top. 

• 

Click on the newly-created group (top line) to select it 
and click Decrease Priority multiple times so that it 
sits just above the Accept group.  

• 

Re-name the group by typing ‘High FITC’ in the box at 
the bottom of the pane. Press Enter to save it. 

• 

Click the Colour button and choose an appropriate 
color.  

• 

Click on the bottom line for this group (reads ID = “” by 
default) to bring up a blank histogram box at the 
bottom of the pane.  

• 

In the ‘Property’ drop-down list, select [FITC] Exterior 
Mean Intensity. In the Operator drop-down list, select 
‘>’ and then use the vertical slide bar to select a group 
of high FITC colonies.  

• 

Click Next to proceed. 

 
 
 
 
 
Select Groups 

• 

In the Select Groups window, select only the High FITC group: 

 

• 

Under Sort Options, select Order By [FITC 1s] Exterior Mean Intensity

• 

Click Next to proceed.  


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GENETIX > CLONEPIX FL  

QUICK INSTRUCTIONS > POWERING DOWN CLONEPIX FL 

 

 
 

14

 

Picking 

• 

Before picking can commence, you will be prompted to swap the source cassettes. Remove 
the empty Feed cassette (it can be placed at the back of the ClonePix FL bed). Next, unlock 
the Return cassette and carefully transfer it to the left side of the source stacker. There is no 
need to re-arrange the plates in the cassette. Finally, place the empty cassette into the right 
side of the stacker and lock it in place. Failure to lock down the Return cassette will cause a 
malfunction in the return of the microplates. 

• 

Switch on the ethanol wash pump at the front of ClonePix FL. Check that the ethanol bath 
has filled with ethanol. 

• 

When prompted, load the destination plate(s) into the Destination Feed cassette. 

• 

Click Next to proceed.  

• 

The picking step will proceed automatically until all colonies in the selected group have 
been collected. 

 
Finish 

• 

Click Finish to return to the Pick Run Process top page. 

• 

Click Close Process to return to the Main Menu. If you have not saved your Process 
settings, you will be prompted to do so.  

• 

To view the results of the picking run, click on the Review Results icon. 

 

 

Powering down ClonePix FL 

 

• 

Switch off the ethanol wash pump. 

• 

Shut down ClonePix FL software. 

• 

Shut down the computer and wait for it to switch off. 

• 

Power down ClonePix FL. 


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GENETIX > CLONEPIX FL  

QUICK INSTRUCTIONS > CONTACT DETAILS 

 

 
 

15

 Contact Details 

 

Corporate Headquarters 

Genetix Ltd 

Queensway, New Milton 
Hampshire BH25 5NN, UK 

Tel: +44 (0) 1425 624 600 
Fax: +44 (0) 1425 624 700 

 

 

Visit www.genetix.com for contact details of your nearest Genetix sales and support office. 

 

 

Trademarks: 

CellReporter, ClonePix and CloneSelect are trademarks of Genetix Ltd., UK. 

Notice 

ClonePix FL and its related applications are covered by US Patent No 7,310,147 and pending patent applications filed by 
Genetix. The purchase of this product conveys to the purchaser the limited, non-exclusive and non-transferable right 
under these patent rights to use the screening method as claimed for research purposes only in conjunction with 
ClonePix FL. No other licence is granted to the purchaser whether expressly, by implication, by estoppel or otherwise. In 
particular, the purchase of this product does not include nor carry any right or license to use, develop, or otherwise 
exploit this product commercially, and no rights are conveyed to the purchaser to use the product, its components or the 
method for any other purposes, including without limitation, provision of services to a third party or generation of 
commercial databases. For information concerning the availability of licences for other uses, please contact Genetix 
Limited Queensway, New Milton, Hants BH25 5NN T: +44 (0) 1425 624600 - F: +44 (0) 1425 624700 

 

Copyright © 2010Genetix Ltd 

All rights reserved. No part of this publication may be reproduced, stored in a retrieval system, or transmitted,  
in any form by any means, electronic, mechanical, by photocopying, recording, or otherwise, without the prior  
written permission of Genetix Ltd. 

Information furnished by Genetix Ltd is believed to be accurate and reliable; however, no responsibility is assumed  
by Genetix Ltd, for its use; nor for any infringements of patents or other rights of third parties which may result from  
its use. No license is granted by implication or otherwise under any patent rights of Genetix Ltd. 

 

Revised: 17 June 2010